Leta 1997 je clio prve generacije po skoraj desetletju proizvodnje zastarel in spomladi 1998 ga je nasledil clio druge generacije, ki se je od predhodnika na zunaj razlikoval predvsem po veliko bolj zaobljenih karoserijskih oblikah.
Pri Renaultu so ga začeli razvijati že leta 1991, torej dobro leto po predstavitvi clia prve generacije, že decembra 1993 pa so mu potrdili tudi dokončne oblikovne poteze, ki so nastale pod vodstvo m tedanjega Renaultovega oblikovalca Patricka Le Quementa. Za njegov razvoj je bilo odgovornih kar štirideset različnih ekip, ki so razvijale posamezne sklope.
Plastični blatniki
Clio druge generacije se je od predhodnika torej ločil po bolj zaobljenih oblikah, a ne le po teh. Renault se je namreč med drugim odzval na kritike voznikov, da na cliu hitro zarjavijo prednji blatniki, in jih izdelali kar iz plastike. Pri tem so uporabili tehnologijo za brizganje plastike v kalupe, ki so jo sicer prvič uporabili na enoprostorniku espace. Tudi pokrov motorja je bil na nekaterih različicah iz aluminija.
Pod motornim pokrovom je bila najbolj zanimiva kombinacija 1,6-litrskega motorja z robotiziranim menjalnikom. Zanimiv je bil tudi športni clio Si s 65-kilovatnim štirivaljnikom 1,6 8V, ki se mu je marca 1999 pridružil še sodobni motor 1,6 16V z največjo močjo 81 kilovatom. Sčasoma je 16-ventilska tehnika tudi v drugih bencinskih motorjih povsem izpodrinila zastarelo 8-ventilsko. Novembra 1999 je clio dobil tudi limuzinsko različico, ki smo jo pri nas poznali kot thalio, ponekod pa tudi kot clio symbol. Septembra 2000 je clio postal tudi bolj varen, saj so mu namenili štiri serijske zračne vreče, tega leta pa je dosegel tudi štiri zvezdice na testnih trčenjih agencije EuroNCAP, kar je bil tedaj najboljši rezultat v njegovem razredu.
Tudi veliko športnosti
Brez naslednika tudi v tej generaciji ni ostal niti clio williams. Decembra 1999 je namreč prišel clio renault sport oziroma RS s precej silovitim motorjem 2,0 16V, ki je razvil največjo moč 124 kilovatov in pospeševal vse do 220 kilometrov na uro. A to ni bilo dovolj za naslov najbolj športnega serijskega clia. Tega mu je že novembra 1998 vzel clio V6 renault sport trophy, pri katerem je kar 170-kilovatni sredinsko vgrajeni motor V6 3,0 24V poganjal zadnji kolesi in ga v 6,4 sekunde pognal do 100 kilometrov na uro. Merilnik hitrosti se je ustavil šele pri 235 km/h.
Trdoživa generacija
Junija 2001 je clio druge generacije doživel korenitejšo prenovo, ki se je odrazila v bolj dinamičnem prednjem delu z navznoter priostrenima žarometoma in izrazitejšo mrežasto masko hladilnika, drugačnih zadnjih lučeh in kakovostnih izboljšavah notranjosti. Tedaj je dobil tudi uglajeni dizelski motor 1,5 dCi. Druga prenova leta 2003 se je odrazila predvsem v dodatnih paketih opreme, kot sta bila billabong in extreme. Močnejši, 132-kilovatni je postal tudi clio RS, z motorjem največje moči 188 kilovatov pa je bil okrepljen tudi clio V6.
A druga generacija clia je bila nasploh zelo trdoživa. Danes, ko na cestah že dolgo vozita njegov naslednik in naslednik naslednika, pravkar pa je bila napovedana peta generacija, je clio druge generacije upokojen šele dobro leto in pol, saj so ga v Argentini in Kolumbiji nehali izdelovati šele leta 2017, dolgo pa se je ohranil tudi v novomeškem Revozu, kjer so ga nehali izdelovati šele leta 2015, torej šele pred štirimi leti.