Službo za varovanje morja so v Luki Koper ustanovili leta 2006, opravlja pa storitve v zvezi s preprečevanjem in odpravo posledic onesnaževanja morja na območju pristanišča. Intervencije trenutno izvajajo plovila tržaške družbe Crismani, s katero ima Luka Koper sklenjeno pogodbo. S posodobitvijo luške službe bo ta v celoti prevzela vse naloge varovanja morja in ukrepanja ob nezgodah.

V Luki Koper želijo pridobiti koncesijo tudi za opravljanje obvezne javne službe vzdrževanja vodnih in priobalnih zemljišč na območju celotnega slovenskega morja. Tako bodo v ta namen v prihodnje kupili še tri plovila, in sicer večji delovni čoln omnia nautica dolžine 10,6 metra, ki naj bi v luko prispel še novembra, ekološko plovilo tipa gabbiano 10 in ladjo dolžine od 15 do 21 metrov z vso potrebno opremo za posredovanje na morju.