ZPIS pa je tudi v nasprotju s predpisi o javnem naročanju za računalnike in programsko opremo porabil 146.515 evrov. Računsko sodišče je zavodu zato izreklo mnenje s pridržkom. Kot so zapisali v povzetku revizijskega poročila, je ZPIZ s spremembo notranjega akta določil nove, višje količnike osnovne plače delovnih mest, na katera je 108 zaposlenih prerazporedil v nasprotju z zakonom o delovnih razmerjih, saj niso izpolnjevali pogojev za zasedbo delovnega mesta.

Devetnajstim vodilnim uslužbencem je ZPIZ povečal osnovne plače v nasprotju z zakonom o razmerjih plač v javnih zavodih, državnih organih in organih lokalnih skupnosti, tako da so njihove osnovne plače presegle količnik 9,00. Zaradi navedenih nepravilnosti je zaposlenim za leto 2007 obračunal za 108.452 evrov previsoke plače. Poleg tega je računsko sodišče ugotovilo, da je ZPIZ v nasprotju s predpisi o javnem naročanju naročil računalniške storitve in nabavil namizne računalnike ter pripadajočo programsko opremo v skupnem znesku 146.515 evrov.

Zaradi ugotovljenih nepravilnosti je računsko sodišče zavodu izreklo mnenje s pridržkom.