Trontelj je bil leta 1991 izvoljen v Slovensko akademijo znanosti in umetnosti, leta 2002 za podpredsednika in nato leta 2008 za predsednika Sazu. Od 1995 je predsedoval Komisiji RS za medicinsko etiko in je bil slovenski delegat v Usmerjevalnem odboru za bioetiko Sveta Evrope.
Sodeloval je pri izdelavi Konvencije o varstvu človekovih pravic in dostojanstva človeškega bitja v zvezi z uporabo biologije in medicine in njenih dodatnih protokolov, še posebno protokola o etiki biomedicinskega raziskovanja na ljudeh.

Je soavtor Vodnika članom komisij za etično ocenjevanje raziskav, ki ga je izdal Svet Evrope. Veliko je objavljal o vprašanjih na področju bioetike, med njimi o problemih zdravniškega odločanja ob koncu življenja in raziskovanja na človeku, pa tudi vloge podajanja vrednot v šolski vzgoji in izobraževanju.

Številne nagrade

Od 2005 do 2008 je bil član Strateškega sveta Vlade RS za kulturo, izobraževanje in znanost. Od 1995 do 2000 je bil predsednik Komisije RS za Zoisove nagrade in priznanja. Med leti 1996 in 2001 je bil član Zdravstvenega sveta RS, med leti 1996 in 1998 pa predsednik Sveta za raziskave v medicini.

Od 2010 je bil član Stalnega odbora za znanost in etiko pri ALLEA (All European Academies). Generalni sekretar Unesca ga je 2010 imenoval za člana Mednarodnega odbora za bioetiko (IBC) v zasebnem svojstvu.

Za svoje raziskave je prejel dve nagradi Sklada Borisa Kidriča (1974 in 1980), Kidričevo nagrado za vrhunske dosežke (1989) in priznanje ambasador Republike Slovenije v znanosti (2003). Za delo na področjih znanosti in etike je prejel državno odlikovanje zlati red za zasluge (2009), piše na spletni strani Sazuja.