Zakon ureja postopkovni vidik varstva pacientovih pravic. Med pomembnejšimi instituti, ki jih uvaja, so zastopnik pravic pacientov in posebna komisija za pravice pacientov, kjer bodo na drugi stopnji obravnavani primeri kršenja pravic pacientov. Komisija bo delovala v tričlanskih senatih. Uvaja se nacionalni čakalni seznam, ki ga bo vodil inštitut za varovanje zdravja in pacientov zdravstveni pooblaščenec. Zastopnik pacientov bo svoje delo opravljal nepoklicno. Ko bodo ustanovljene, pa naj bi v vsaki pokrajini deloval vsaj en zastopnik.

V komisiji bodo sodelovali predstavniki strokovnih kolegijev pri ministrstvu za zdravje, predstavniki nevladnih organizacij s področja varstva pacientovih pravic ali varstva potrošnikov, predstavniki pristojnih zbornic in strokovnih združenj, ki delujejo na področju zdravstvene dejavnosti in imajo javno pooblastilo, javni uslužbenci ministrstva za zdravje, predstavniki komisije za medicinsko etiko in javni uslužbenci ministrstva, pristojnega za pravosodje.

Na vidiku že referendum
V sklopu druge obravnave je opozicija vztrajala, da besedilo zakona ni dobro, z dopolnili pa je želela med drugim spremeniti sestavo komisije za varstvo pacientovih pravic. Vendar je njena dopolnila, tako kot dopolnila koalicijske DeSUS, večina zavrnila. Prav tako ni bilo izglasovano dopolnilo SNS, ki je predlagala ustanovitev varuha pacientovih pravic kot neodvisnega organa, ki bi skrbel za večjo transparentnost in lažje uveljavljanje pacientovih pravic. Barbara Žgajnar Tavš (SNS) je zaradi neupoštevanja strokovnih združenj in društev omenila celo, da se po njenih informacijah v opoziciji zavzemajo za možnost zbiranja podpisov za naknadni zakonodajni referendum. 

Zakon je podprlo 42 poslank in poslancev iz vrst koalicijskih SDS, NSi in SLS, nasprotovalo pa mu je 21 poslank in poslancev iz vrst opozicijskih LDS, SD in Zares ter koalicijske DeSUS. Poslanci SNS pa so celo napovedali obstrukcijo.