Dani Pedrosa, ki ima še vedno drobne matematične možnosti za naslov svetovenga prvaka, je bil najhitrejši na drugem treningu pred Veliko nagrado Japonske v Motegiju. Španec, ki je pred tem oznanil, da bo še vsaj naslednji dve sezoni dirkal s Hondo, je dosegel dober čas na dirkališču, ki je narejeno prav za testiranje Hondinih motociklov. Njegov najhujši zasledovalec je bil tokrat Randy de Puniet s Kawasakijem. Tretji čas kvalifikacij pa je prav tako s Hondo dosegel Marco Melandri. Vodilni v skupnem seštevku Casey Stoner je dosegel šesti čas. Če bi Stoner na nedeljski tekmi v cilj prišel pred Valentinom Rossijem bi si že zagotovil naslov svetovnega prvaka. Rossi je na treningu imel obilico težav s svojim motociklom, saj je moral že po 20 minutah ponovno v bokse. Italijan se je nato vrnil na stezo, težav pa ni imel več.