Leta 2007 je bilo na prvi tekmi v 2. kolu kvalifikacij v Domžalah 2:1 za Dinamo. Za goste sta v polno zadela Tomo Šokota v sedmi in Luka Modrić v 51. minuti z enajstih metrov, za domače pa je edini gol dosegel Dražen Žeželj v 87. minuti. Na povratni tekmi v Zagrebu je Dinamo slavil s 3:1. Edini gol za slovenske prvake je prispeval Dario Zahora, za modre pa so zadeli Ognjen Vukojević, Tomo Šokota in Jorge Sammir.
Leto kasneje so Domžalčani na prvi tekmi 2. kola kvalifikacij za Ligo prvakov doma izgubili z 0:3 (0:3) in se tako že po polovici dvoboja poslovili od napredovanja. Zabili so Josip Tadić, Sammir in Ivica Vrdoljak. Povratno srečanje so izbranci Roberta Pevnika sicer odigrali pogumneje, a vseeno klonili z 2:3. Za Domžale sta mrežo zatresla Danijel Brezič in Darko Zec, za Dinamo pa Igor Biščan, Mirko Hrgović in Dino Drpić.