Ministrstvo za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo je v odziv na novinarsko konferenco SD na temo političnega prilaščanja Evro-sredozemske univerze zapisalo, da pri ustanavljanju te univerze ne gre za politizacijo. Med drugim so še zapisali, da je vlada pomagala projektni skupini, v kateri je bil tudi poslanec SD Marko Pavliha, opraviti več uspešnih predstavitev projekta v tujini, kar je po mnenju vlade pripomoglo k pridobitvi podpore v mednarodni skupnosti za sedež Evro-sredozemske univerze v Sloveniji.

Poleg tega je ministrstvo poudarilo, da je vlada leta 2006 prisluhnila pobudi poslanca Pavlihe, naj Slovenija pridobi sedež Evro-sredozemske univerze, zato je na njegovo pobudo imenovala projektno skupino za pripravo strokovnih podlag za ustanovitev mednarodne sredozemske univerze s sedežem v Sloveniji. Poudarilo je tudi, da vlada nikoli ni zanikala, da je pobudo za ustanovitev univerze s sedežem v Sloveniji dal poslanec Pavliha, in da ga vedno vključuje v vse dejavnosti, povezane z ustanavljanjem univerze.

Ob tem so dodali, da projektna skupina, katere član je bil tudi Pavliha, ni vladi nikoli predlagala, da bi Center EMUNI prišel pod okrilje Univerze na Primorskem.