Pri tem so izpostavili njeno trditev, da je imela v obdobju, ko je bila generalna državna tožilka, v postopku tudi zunanjega ministra Dimitrija Rupla, sicer vplivnega člana LDS. Res je sicer, da je Cerarjeva sprožila postopek proti tedanjemu ministru Ruplu v zvezi s pobudo o podiplomskem izobraževanju diplomatov in da so takrat s tožilstva prihajale številne informacije, na osnovi katerih so mediji proti Ruplu sprožili pravo vojno.

Pod vplivom LDS
Neresnična je izjava, da je bil Rupel v tistem času vplivni član LDS. Tedanji predsednik stranke LDS in predsednik vlade Anton Rop je namreč prav v tistem času začel izolirati Rupla v stranki in  vladi ter ga politično in osebno napadati, kar je privedlo do njegove izključitve iz vlade in njegovega odhoda iz LDS.

Nekdanja generalna državna tožilka in podpredsednica LDS Zdenka Cerar je v odzivu na sklepe tako imenovane Kovačičeve komisije med drugim zavrnila očitke, da naj bi delovala politično pristransko in pod vplivom LDS. Poudarila je, da so imeli v obdobju, ko je opravljala funkcijo generalne državne tožilke, v postopku dva prepoznavna člana LDS, in sicer Borisa Šuštarja, ki je bil tudi pravnomočno obsojen zaradi korupcije, in tedanjega ministra Dimitrija Rupla.

Na ministrstvu pa menijo, da je bil postopek, ki ga je sprožila poznejša ministrica LDS Zdenka Cerar, zgolj politični konstrukt in zagotovo ne izraz nepristranskega dela tožilstva.