Obama je v petek kratko sporočil, da imajo vojaška sodišča v ZDA dolgo tradicijo in da so primerna za sojenje sovražnikom, ki kršijo pravila vojskovanja, če so seveda pravilno postavljena in vodena. Vojaška sodišča naj bi bila legitimen forum za pregon domnevnih teroristov in najboljši način za zaščito države ob varovanju vrednot. Obama je ob tem napovedal, da bodo zaradi tega spremenili pravila za delovanje sodišč in jih uskladili z vladavino prava.

Obamova odločitev je izzvala razočaranje med zagovorniki človekovih pravic in med nekaterimi demokrati, vendar pa je tiskovni predstavnik Bele hiše Robert Gibbs novinarjem pojasnil, da predsednik ZDA dela to, kar je v najboljšem varnostnem interesu ZDA. Omenjena vojaška sodišča naj bi sodila samo manj kot 20 ujetnikom Guantanama, preostale od skupno 241 pa bodo preselili v tujino ali v ZDA. Obama je namreč odredil, da morajo zapor v Guantanamu zapreti do januarja 2010.

Po mnenju analitikov je Obama odločitev sprejel zato, ker ne želi poglabljati spora z republikanci, ki odločno nasprotujejo selitvi domnevnih teroristov na ameriško ozemlje pred civilna sodišča. Še posebej to velja za domnevne voditelje teroristične mreže Al Kaida, kot je na primer Kalid Šejk Mohamed. Obama je sicer nasprotoval ustanovitvi posebnih vojaških sodišč, ki jih je leta 2006 potrdil kongres, vendar je bil takrat senator. Republikanci so Obamovo odločitev pozdravili. Ameriška zveza za državljanske svoboščine (ACLU) pa je razočarana, da Obama oživlja "zgrešeno Bushevo politiko", namesto da bi ujetnikom sodili na civilnih sodiščih.

Že v petek so iz Guantanama proti Parizu poslali Alžirca Lakhdarja Boumedieneja, ki so ga aretirali v Bosni in Hercegovini zaradi suma, da je pripravljal napad na ameriško veleposlaništvo v Sarajevu. Francija je namreč pristala, da bo sprejela enega ujetnika iz Guantanama.

ZDA želijo v tujino poslati okoli 60 ujetnikov, ki niso krivi terorizma, vendar pa bi jim v primeru vrnitve v domovino grozilo kratenje človekovih pravic. Boumediene je junija 2008 zmagal na vrhovnem sodišču ZDA s tožbo proti Bushevi administraciji. Sodišče je tesno s pet proti štiri razsodilo, da se lahko ujetniki v Guantanamu pritožijo na ameriška sodišča.